El patronímico Encaoua ha suscitado entre los filólogos y los historiadores interpretaciones múltiples y a veces contradictorias. Tres grandes hipótesis se desprenden de la literatura erudita.
La primera interpretación hace del nombre Encaoua una transcripción fonética de la expresión hebraico-aramea עֵין קַוָּא (Ein Kawa), que puede traducirse por «fuente de la medida» o «manantial del canon». El término קַוָּא (kawa) remitiría al qav, unidad de medida hebrea y aramea mencionada en la Mishná.
La segunda interpretación vincula el nombre al árabe ابن قاوة (Ibn Qawa), «hijo de Qawa». La forma Hencaoua se encuentra en documentos árabes medievales, en particular en actas notariales de Granada y de Sevilla conservadas en el Archivo Histórico Nacional de Madrid.
Una tercera escuela de pensamiento, representada por el historiador Gabriel Camps, sugiere que el radical kawa o cawa es de origen bereber, emparentado con el tamazight que designa un tipo particular de terreno o de asentamiento humano. Camps recuerda que numerosas familias judías del Norte de África llevan nombres de origen bereber (Azoulay, Medioni, Berdugo, Abitbol), reflejando la antigüedad de la simbiosis judeo-bereber. Según esta hipótesis, el nombre habría sido adoptado incluso antes de la llegada a España —lo que contradiría la idea de un origen exclusivamente ibérico de la familia.
Según la Jewish Encyclopedia, se encuentran al menos cuatro grafías en caracteres hebreos y numerosas caligrafías en caracteres latinos: Al-Naqua, Alnakaoua, Al-Naqwa, Alnucawi, Ankoa, Kaoua, N'Kaoua (Nkaoua), Ankaoua, Enkaoua, Encaoua, Ankawa, Enkawa y Elnekave (o Elnecavé). Esta última forma, Elnekave, es la variante hebraizada moderna utilizada principalmente en Israël y en los países anglófonos, mientras que las formas Ankawa y Enkawa se encuentran en Marruecos y en Argelia. Según Alexander Beider, el nombre es de naturaleza monogenética, surgido en un solo lugar, en una época dada, llevado por una familia bien determinada.
La persistencia del patronímico Encaoua a través de siete siglos ilustra un fenómeno característico de la tradición sefardí: la transmisión del nombre como marcador identitario sagrado. A diferencia de numerosas familias judías asquenazíes que adoptaron patronímicos impuestos por las administraciones europeas en el siglo XVIII, las familias sefardíes como los Encaoua conservaron su nombre medieval sin interrupción. Esta fidelidad onomástica se explica por la estructura comunitaria del judaísmo magrebí, donde el nombre de familia garantizaba el acceso a ciertas funciones rabínicas hereditarias. El patronímico funcionaba así como un título de nobleza intelectual, atestiguando la pertenencia a un linaje de sabios y de jueces.
Una de las cuestiones más debatidas por los historiadores es saber si todas las familias que llevan las diferentes variantes del nombre descienden de un antepasado común. Alexander Beider, en su Dictionary of Jewish Surnames from Maghreb (2017), se inclina netamente a favor de la monogénesis: el nombre habría surgido una sola vez, en la Castilla medieval, probablemente en Toledo o Sevilla en el siglo XII, y todas las ramas actuales descenderían de esta cepa única. Esta hipótesis se ve reforzada por la coherencia geográfica de la dispersión: los Encaoua no se encuentran sino en lugares históricamente ligados al itinerario España → Magreb (Tlemcen, Oran, Salé, Fès), nunca en las comunidades asquenazíes ni en el Imperio otomano —lo que sería difícil de explicar si el nombre tuviera orígenes múltiples e independientes.