Los Encaoua que eligieron el Magreb se instalaron principalmente en Tlemcen y en Fès, uniéndose a comunidades judías ya establecidas.
Los Toshavim (residentes de implantación antigua) acogieron a los Megorashim (expulsados) con una mezcla de generosidad y tensión. En Tlemcen, los Encaoua se impusieron rápidamente como una de las principales familias rabínicas, beneficiándose del prestigio adquirido un siglo antes por el Rab Éphraïm Al-Naqua. El régimen jurídico de las comunidades judías en el Magreb — las Takkanot — fue a menudo escenario de rivalidades entre los recién llegados castellanos y las familias autóctonas de rito local.
Los exiliados de 1492 tomaron varias rutas hacia el Magreb. Algunos transitaron por Portugal (antes de la expulsión portuguesa de 1496-1497), otros por las Baleares o directamente por vía marítima hacia Oran, Fès y Tlemcen. La memoria familiar de los Encaoua conserva el recuerdo de ese periplo a través de piyutim litúrgicos y de alusiones en los responsa. El Rab Éphraïm había obtenido, por cierto, del sultán de Tlemcen, un siglo antes, la autorización para que familias judías de España vinieran a establecerse en la ciudad — profetizando en cierto modo el éxodo por venir.
A lo largo del siglo XVI, las comunidades judías del Magreb se organizaron en comunidades distintas — los castellanos (megorashim) y los autóctonos (toshavim) — antes de fusionarse progresivamente. En Tlemcen, como en Fès, los dayanim Encaoua desempeñaron un papel determinante en esta unificación, aportando la tradición jurídica castellana enriquecida por siglos de práctica en España. Esta fusión dio origen a un judaísmo magrebí original, ni puramente sefardí ni puramente autóctono, sino síntesis creadora de las dos tradiciones.
La instalación de los exiliados ibéricos se despliega sobre seis focos mayores documentados por MMJMM: Tlemcen, Oran, Fès, Tétouan, Salé, y el refugio italiano de Livorno. Cada uno tiene su propia liturgia, sus dayanim y sus manuscritos.