Los Encaoua son conocidos por su contribución a la música litúrgica de las comunidades judías del Magreb.
La música de las sinagogas de Oran y Tlemcen, fuertemente influida por la tradición musical andalusí (el malouf y el chaabi), constituye un patrimonio de una riqueza extraordinaria. Varios piyutim compuestos por miembros de la familia se cantan todavía hoy en comunidades establecidas en Francia, Israel, Canadá y los Estados Unidos.
El piyut más célebre atribuido al Rab Éphraïm Al-Naqua es un poema litúrgico para Rosh Hashaná, construido según un acróstico alfabético. Su melodía, de inspiración árabe-andalusí, está considerada como una de las más bellas del repertorio litúrgico norteafricano. Este piyut se canta todavía en algunas sinagogas de tradición oranesa y tlemcenense, perpetuando así la voz del fundador del linaje a través de los siglos.
Las comunidades judías de Oran y Tlemcen desarrollaron un estilo musical litúrgico distintivo, que mezclaba las tradiciones hebraicas medievales con los modos (maqam) de la música árabe-andalusí. El malouf (música clásica árabe-andalusí) y el chaabi (música popular) influyeron profundamente en la cantilación sinagogal. Cantores (hazzanim) de la familia Encaoua fueron renombrados por su dominio de este repertorio complejo. Este patrimonio inmaterial, amenazado por la dispersión de las comunidades después de 1962, es hoy objeto de esfuerzos de conservación por parte de asociaciones culturales en Francia e Israel.
MMJMM documenta dos corpus litúrgicos mayores: el Maḥzor de Oran en cinco volúmenes (seguido del éxodo comunitario hacia Livorno en 1669) y el de Tetuán, que comprende 231 piyutim de los Megorashim.