Las leyes antisemitas de Vichy en Argelia a partir de 1940 golpearon duramente a los judíos de Argelia.
En el marco de su política antisemita, el régimen de Vichy derogó el Decreto Crémieux mediante la ley del 7 de octubre de 1940. Esta medida brutal privó a unos 110 000 judíos de Argelia de su nacionalidad y de su ciudadanía francesa, colocándolos en una situación de gran vulnerabilidad. Los judíos fueron sometidos al Estatuto de los Judíos, excluidos de las profesiones liberales, de las funciones públicas, y sometidos al numerus clausus en la enseñanza. Miembros del linaje Encaoua figuran entre los excluidos de las escuelas y las profesiones. El Decreto Crémieux no fue restablecido oficialmente hasta el 21 de octubre de 1943, por el Comité Francés de la Liberación Nacional, tras el desembarco aliado en el norte de África de noviembre de 1942.
Entre octubre de 1940 y octubre de 1943, los judíos de Argelia vivieron un período de desposesión y de humillación sistemática. Los niños fueron excluidos de las escuelas públicas (límites del numerus clausus al 14% y luego al 7%), las profesiones liberales cerradas, las empresas 'arianizadas'. Para los Encaoua, cuya ciudadanía francesa estaba sólidamente anclada desde hacía 70 años, esta regresión fue vivida como un trauma profundo. La comunidad judía de Oran, donde vivían numerosos Encaoua, fue particularmente afectada por las medidas discriminatorias y el clima de antisemitismo atizado por la propaganda vichysta.
La independencia de Argelia en julio de 1962 provocó el éxodo masivo de unos 130 000 judíos, la mayoría hacia la Francia metropolitana, algunos hacia Israel. Para los Encaoua, esto significaba el fin de una presencia de casi cinco siglos en Argelia —desde la instalación de Éphraïm Al-Naqua en Tlemcen en 1391—. La partida se hizo en la urgencia y el desgarro: las familias dejaban casas habitadas durante generaciones, sinagogas construidas por sus antepasados, cementerios donde reposaban sus muertos. La comunidad judía de Tlemcen, que todavía contaba con varios centenares de miembros, se dispersó en pocas semanas, principalmente hacia París, Marsella y Montpellier.
La llegada a la Francia metropolitana marcó para los Encaoua el comienzo de una nueva era. Los repatriados tuvieron que reconstruir sus vidas en un país que consideraban como el suyo (gracias al Decreto Crémieux), pero que a menudo los acogía con indiferencia u hostilidad. Frente a esta prueba, los Encaoua dieron muestra de la misma resiliencia que sus antepasados después de 1391 y 1492: reconstituyeron redes comunitarias, fundaron asociaciones culturales, mantuvieron viva la memoria de los lugares abandonados. Asociaciones como MORIAL (Memoria y tradiciones de los Judíos de Argelia), de la que Didier Nebot es presidente de honor, desempeñan un papel esencial en la preservación de este legado.