Le Manuscrit Sacré aporta precisiones esenciales — a menudo inéditas — sobre varias figuras del linaje Encaoua, sobre el contexto histórico de las persecuciones de 1391 y sobre la memoria popular que rodea al Rab de Tlemcen hasta nuestros días.
Nebot precisa que Israël Al-Naqua fue quemado vivo el 6 de junio de 1391 en la sinagoga de Écija (cerca de Sevilla), mientras estaba rezando. El autor lo presenta como el primer mártir de las terribles masacres de 1391. La causa directa de su martirio habría estado estrechamente ligada a su obra: acababa de escribir el Menorat ha-Maor (El Candelabro de Luz), un libro destinado a hacer la Torá accesible a todos — lo que, a ojos de sus perseguidores, constituía una subversión peligrosa. La tradición relata que pereció en la hoguera sosteniendo un Sefer Torá en la mano. La Encyclopedia Judaica ofrece una versión ligeramente distinta: durante la agresión contra la comunidad judía de Toledo, habría sido salvajemente atacado y arrastrado por la calle. Ambas versiones dan testimonio de la brutalidad extrema de los acontecimientos.
Nebot reconstruye con precisión la historia extraordinaria del manuscrito principal de Ephraïm Al-Naqua, desde su redacción en el siglo XV en Tlemcen hasta su conservación en la Bodleian Library de Oxford. Relata el viaje notable de Samuel Sultan, comisionado por el rabino Haïm Bliah (1832-1919) de Tlemcen, que se desplazó a Oxford a finales del siglo XIX. Se le permitió copiar el manuscrito, pero no llevárselo. Estas copias permitieron, en 1902, la publicación en Túnez de una edición comentada, ampliada con una introducción y un comentario titulado Petah ha Chahar (Apertura del Pórtico). A través de esta obra, el Rab Ephraïm Al-Naqua aparece como un filósofo que defiende las tesis racionalistas de Maimónides frente a la tradición mística representada por Najmánides — el transmisor de la idea de que el pensamiento bíblico y el pensamiento racional no solo son compatibles, sino que su combinación contribuye a enriquecer el sentido profundo de la Torá.
El libro detalla con una precisión sobrecogedora las prédicas de odio del arcediano Ferran Martínez de Écija, que ya desde 1388 llamaba abiertamente a la destrucción de las sinagogas. Reconstruye el desarrollo de los disturbios de junio de 1391 en las ciudades de Andalucía y Castilla: en tres meses, más de 4.000 judíos perecieron, varias decenas de miles fueron forzados a la conversión — conversiones que alimentaron después las hogueras de la Inquisición. Nebot muestra cómo estos acontecimientos se inscriben en un continuo de violencia que conducirá inexorablemente al decreto de expulsión del 31 de julio de 1492. Es en este contexto de terror que los descendientes de Israël Al-Naqua huyeron de la España católica hacia otras tierras más hospitalarias.
Uno de los aportes más fascinantes de Nebot es su análisis de la leyenda del león, según la cual el Rab Ephraïm Al-Naqua habría cabalgado sobre una fiera para entrar triunfalmente en Tlemcen. Nebot propone una explicación racional que no disminuye en nada el alcance simbólico del relato: el león simboliza al sultán de Tlemcen, que suplicó a Ephraïm, en tanto que médico formado en la Universidad de Palencia, que salvara a su hija enferma. Ephraïm trató a la niña con medicamentos a base de veneno de serpiente, práctica terapéutica clásica en la época. La niña se salvó y el Rab regresó triunfante. Como recompensa, obtuvo dos favores decisivos: el permiso para que los judíos se instalaran en el centro de la ciudad (el barrio llamado «El Merja») y la autorización para que familias judías de España y de las Islas Baleares vinieran a establecerse en Tlemcen.