El año 1391 constituye una ruptura mayor en la historia del judaísmo ibérico.
Los pogromos estallaron en Castilla y en Aragón, desencadenados por la predicación llena de odio del arcediano Ferrand Martínez de Écija. Desde 1388, este eclesiástico fanático recorría Andalucía, llamando abiertamente a la destrucción de las sinagogas y a la conversión forzada de los judíos, a pesar de las prohibiciones reales. El 6 de junio de 1391, la judería (barrio judío) de Sevilla fue invadida por la muchedumbre: cientos de judíos fueron masacrados, las sinagogas saqueadas y quemadas. En tres meses, la violencia se extendió a más de 70 ciudades, entre ellas Córdoba, Toledo, Barcelona y Valencia. Los Encaoua figuran entre las familias que resistieron a la conversión forzada.
La característica de consecuencias más graves de las matanzas de 1391 fue la oleada masiva de conversiones forzadas. Decenas de miles de judíos aceptaron el bautismo bajo la amenaza inmediata de la muerte. Estos 'Nuevos Cristianos' o conversos — a menudo designados peyorativamente como marranos — formaron una categoría social nueva y problemática. Muchos continuaron practicando secretamente el judaísmo (criptojudaísmo), lo que suscitó una sospecha permanente por parte de las autoridades eclesiásticas. Esta desconfianza alimentó directamente la creación de la Inquisición española en 1478, y luego el decreto de expulsión de 1492. Los Encaoua que rechazaron la conversión — como Rav Yaakov de Sevilla — eligieron el martirio (kiddush Hashem) o la huida hacia el norte de África, manteniendo intacta la cadena de transmisión rabínica.
Los acontecimientos de 1391 marcan el fin definitivo de lo que los historiadores llaman 'la edad de oro' del judaísmo ibérico. Según el historiador Yitzhak Baer, las matanzas destruyeron los cimientos institucionales y económicos de la mayoría de las grandes comunidades judías de España. Los Encaoua, presentes en Toledo, Sevilla y Zaragoza, estuvieron en el corazón de esta catástrofe. La respuesta de la familia fue doble: ciertas ramas eligieron el martirio y la fidelidad absoluta a la fe (como Israël Al-Naqua y Yaakov Encaoua), otras tomaron el camino del exilio hacia tierras más hospitalarias — Éphraïm, hijo de Israël, llevando consigo la herencia intelectual paterna hacia Tlemcen. El rabinato de los Encaoua en España terminaba, pero se transformaba en un rabinato magrebí que duraría cinco siglos.
Es a raíz de las matanzas de 1391 cuando la comunidad judía de Tlemcen toma su impulso, acogiendo a los primeros refugiados ibéricos y sus linajes rabínicos. MMJMM documenta su trayectoria.