Las primeras menciones indiscutibles del nombre Encaoua aparecen en colecciones de responsa del siglo XII.
Un responsum particularmente importante, conservado en la colección de las teshuvot del Rav Yossef Ibn Migash (1077-1141), hace referencia a un «Rav Choushan Encaoua». El Rav Yossef Ibn Migash, discípulo de Rabí Isaac Al-Fasi (el Rif) y maestro de Maimónides según ciertas tradiciones, dirigía la yeshivá de Lucena. El hecho de que un Encaoua mantuviera correspondencia con esta autoridad suprema del judaísmo ibérico atestigua el alto rango de la familia ya desde el siglo XII.
Un acta conservada en el Archivo de la Corona de Aragón, fechada en 1289, menciona a un «Mossé Encaoua» como rabino de la comunidad judía (aljama) de Huesca. Los archivos de la Corona de Aragón se cuentan entre los más ricos de Europa para documentar la vida de las comunidades judías medievales. Las aljamas (comunidades judías autónomas) disponían de cartas reales que les garantizaban una jurisdicción propia, y los rabinos ejercían allí funciones a la vez espirituales y judiciales.
Las menciones documentadas de los Encaoua en varias ciudades de la península ibérica —Toledo, Sevilla, Zaragoza, Huesca— revelan una movilidad geográfica característica de las élites rabínicas medievales. Los grandes rabinos circulaban entre las aljamas al hilo de los nombramientos y de las controversias halájicas. La red de las comunidades judías de España, que contaba en su apogeo en el siglo XIII con más de 200 aljamas, funcionaba como un entramado intelectual denso donde las ideas, los manuscritos y las controversias viajaban con los rabbanim. El hecho de que algunos Encaoua estén atestiguados simultáneamente en los reinos de Castilla (Toledo, Sevilla) y de Aragón (Huesca, Zaragoza) da testimonio de la amplitud de esta red familiar ya desde el siglo XIII.
Después de 1492, los archivos de la Inquisición española proporcionan, paradójicamente, informaciones preciosas sobre las familias judías de antes de la expulsión. Los procesos incoados a los conversos (judíos convertidos al cristianismo) contienen con frecuencia testimonios que mencionan las familias de origen de los acusados. Varios expedientes conservados en el Archivo Histórico Nacional de Madrid hacen referencia a «Abencava» o «Encahua» entre las familias cuya ortodoxia cristiana de los descendientes era puesta en duda —prueba de que el nombre Encaoua era suficientemente conocido para atraer la atención de los inquisidores, y de que ciertos miembros de la familia habían elegido la conversión antes que el exilio en 1492.