אפרים אלנקאווא, יליד טולדו בשנת 1359, הוא בנו של הרב ובעל המוסר ישראל אלנקאווא. בנוסו מפרעות 1391 התיישב בתלמסאן, שם נעשה לדמות אגדית.
אביו דגל בחינוך המשלב את הקודש ואת החול. אפרים למד רפואה באוניברסיטת פָּלֶנסיה, אחת האוניברסיטאות הראשונות באירופה, שנוסדה בשנת 1212. בגיל 32, בשנת 1391, עזב את ספרד בלוויית הריב"ש (רבי יצחק בר ששת פרפת) והרשב"ץ (רבי שמעון בן צמח דוראן), שניים מגדולי הפוסקים בדורם. הדרך הוליכה אותו תחילה אל מרקש, ולאחר מכן אל נמל הוֹנֵין (הוֹנַיין של ימינו, מחוז תלמסאן), בטרם התיישב לבסוף בבירה הזיאנית. מסע זה בן חודשים אחדים, לאורך הים התיכון המערבי ולאחר מכן בדרכי השיירות של המגרב, היה מנת חלקם של אלפי פליטים יהודים שנמלטו מן האלימות האיברית. בואם של מגורשים אלו שינה מעמקים את הקהילות היהודיות של המגרב, בהביאו רוח אינטלקטואלית וכלכלית חדשה.
אגדת האריה — לפיה רכב הרב על חיית טרף — מוצאת הסבר רציונלי: האריה מסמל את הסולטאן, המתחנן לפניו להציל את בתו החולה. אפרים מרפא את הילדה. הרב משיג שתי טובות הנאה: ההיתר ליהודים להתיישב במרכז העיר, והרישיון למשפחות יהודיות מספרד לבוא לתלמסאן.
שער כבוד ה' (שער כבוד ה׳, « שער כבוד אלוהים ») הוא יצירתו הפילוסופית העיקרית, הגנה שיטתית על הפילוסופיה של הרמב"ם מפני ביקורתו של הרמב"ן. כתב היד המקורי שמור בספריית הבודליאנה באוקספורד. שמואל סולטאן העתיק ממנו העתקים בשלהי המאה הי"ט. בשנת 1902 הופיעה בתוניס מהדורה מבוארת, עם הפירוש פתח השער של רבי חיים בלייח. מהדורה מודרנית הופיעה בירושלים בשנת 1986. התרגום הצרפתי השלם הראשון של יצירה זו נגיש מעתה ב-Encaoua.org, מן התפריט Explorer → Kevod Hashem.
פיוט לחג ראש השנה, הבנוי לפי אקרוסטיכון אלפביתי, עודנו מושר בבתי כנסת אחדים של מסורת והראן ותלמסאן. ניגונו, בהשראה ערבית-אנדלוסית, הוא מן היפים שברפרטואר זה.
הרב נפטר ביום 13 בנובמבר 1442 (א' בכסלו ה'ר"ב) בגיל 82. כתובת מצבתו: « פה נטמן זה שהיה גאוותנו, עטרתנו, אור ישראל… » מאז מותו ועד שנת 2005 היה קברו מקום עלייה לרגל ליהודים ולמוסלמים מכל המוצאים. בית כנסת מוקדש לו בירושלים; רחוב נושא את שמו בתלמסאן.
כדי להבין את הקליטה יוצאת הדופן שזכה לה אפרים אלנקאווא, יש למקם את בואו בהקשר הפוליטי של תלמסאן תחת השושלת הזיאנית (1554-1235). הזיאנים, שושלת ברברית מבני זיאן, הפכו את תלמסאן לאחת הבירות המבריקות ביותר של המגרב בימי הביניים, יריבתן של פאס ותוניס. מתוך דאגה לפיתוח המסחר והדיפלומטיה, קלטו הסולטאנים הזיאנים בברכה את הפליטים היהודים מספרד, בהכירם בכישוריהם הרפואיים, המסחריים והאינטלקטואליים. הקהילה היהודית של תלמסאן, המתועדת מן המאה הי' בהתכתבות בין חכמים מקומיים ובין גאוני בבל, התחזקה במידה ניכרת מגלי הגירה אלו. כיבוש המווחידון בשנת 1146 החריב זמנית את הקהילה, אך עלייתם של הזיאנים בשנת 1248 ציינה את ראשית תקופה של התחדשות ושגשוג.
בית הכנסת שייסד הרב אפרים, הידוע בשם 'בית כנסת הרב', נעשה לב הרובע היהודי של תלמסאן. לפי עדויות מראשית המאה הכ', הוא נראה כאולם מלבני ארוך הנתמך בעמודי אבן. נבנה בערך בשנת 1398, ומוקם בסמוך לארמון הסולטאן, בכך מעיד על הקשר המיוחד שבין הרב ובין השלטון הזיאני. מבנה היסטורי זה, שנהפך למסגד אחר עזיבת אחרוני יהודי תלמסאן, נותר אחד השרידים האדריכליים המעטים של הנוכחות היהודית רבת-הדורות בעיר זו. הרובע היהודי של תלמסאן, שהיה תחילה בפרבר אַגַדיר, הועתק אל מרכז העיר אחר התערבות הרב לפני הסולטאן — זכות יתר יוצאת דופן במגרב של ימי הביניים.
מקלט בני אלנקאווא אחר גלות 1391, תלמסאן נעשית מוקד רבני מרכזי של המגרב. MMJMM מתעד קהילה ימי-ביניימית זו, את שושלת הרב ואת כתבי היד שיצאו ממנה.