שם המשפחה אנקאווא עורר אצל הפילולוגים וההיסטוריונים פרשנויות רבות ולעיתים סותרות. שלוש השערות מרכזיות עולות מן הספרות המלומדת.
הפרשנות הראשונה רואה בשם אנקאווא תעתיק פונטי של הביטוי העברי-ארמי עֵין קַוָּא (עין קווא), שאפשר לתרגמו «מעיין המידה» או «מבוע הקנה». המונח קַוָּא (קווא) מתייחס לקַב, יחידת מידה עברית וארמית הנזכרת במשנה.
הפרשנות השנייה מקשרת את השם לערבית ابن قاوة (אבן קאווה), «בן קאווה». הצורה Hencaoua מופיעה במסמכים ערביים מימי הביניים, ובפרט בשטרות נוטריוניים מגרנדה ומסביליה השמורים ב-Archivo Histórico Nacional במדריד.
אסכולה שלישית, שמייצגה ההיסטוריון Gabriel Camps, מציעה שהשורש kawa או cawa הוא ממקור ברברי, קרוב לתמאזיר"ת המציין סוג מסוים של קרקע או יישוב אנושי. Camps מזכיר שמשפחות יהודיות רבות בצפון אפריקה נושאות שמות ממקור ברברי (Azoulay, Medioni, Berdugo, Abitbol), המשקפים את קדמותה של הסימביוזה היהודית-ברברית. על פי השערה זו, השם אומץ עוד טרם ההגעה לספרד — דבר שיסתור את הרעיון של מקור איברי בלעדי למשפחה.
על פי ה-Jewish Encyclopedia, מצויים לפחות ארבעה כתיבים באותיות עבריות וכתיבים רבים באותיות לטיניות: Al-Naqua, Alnakaoua, Al-Naqwa, Alnucawi, Ankoa, Kaoua, N'Kaoua (Nkaoua), Ankaoua, Enkaoua, Encaoua, Ankawa, Enkawa ו-Elnekave (או Elnecavé). צורה אחרונה זו, Elnekave, היא הווריאנט המעוברת המודרני המשמש בעיקר בישראל ובארצות דוברות האנגלית, ואילו הצורות Ankawa ו-Enkawa מצויות במרוקו ובאלג'יריה. על פי Alexander Beider, השם הוא מונוגנטי במהותו, הופיע במקום אחד, בתקופה נתונה, נישא על ידי משפחה מוגדרת היטב.
התמדת שם המשפחה אנקאווא לאורך שבע מאות שנים ממחישה תופעה אופיינית למסורת הספרדית: מסירת השם כסימן זהות מקודש. בניגוד למשפחות יהודיות אשכנזיות רבות שאימצו שמות משפחה שכפו עליהן הממשלים האירופיים במאה השמונה-עשרה, משפחות ספרדיות כמו אנקאווא שמרו על שמן מימי הביניים ללא הפסק. נאמנות שמית זו מוסברת במבנה הקהילתי של יהדות המגרב, שבו שם המשפחה הבטיח גישה לתפקידים רבניים תורשתיים מסוימים. שם המשפחה תפקד אפוא כתואר אצולה אינטלקטואלי, המעיד על השתייכות לשושלת של תלמידי חכמים ודיינים.
אחת השאלות הנדונות ביותר בקרב ההיסטוריונים היא האם כל המשפחות הנושאות את הווריאנטים השונים של השם מתייחסות לאב קדמון משותף. Alexander Beider, בספרו Dictionary of Jewish Surnames from Maghreb (2017), נוטה בבירור לטובת המונוגנזה: השם הופיע פעם אחת בלבד, בקסטיליה של ימי הביניים, ככל הנראה בטולדו או בסביליה במאה השתים-עשרה, וכל הענפים הנוכחיים מתייחסים לגזע יחיד זה. השערה זו מתחזקת מן הקוהרנטיות הגאוגרפית של הפיזור: אנקאווא מצויים רק במקומות הקשורים היסטורית למסלול ספרד ← מגרב (תלמסאן, והראן, סאלי, פאס), לעולם לא בקהילות אשכנזיות או באימפריה העות'מאנית — דבר שיהיה קשה להסביר אם לשם היו מקורות מרובים ובלתי תלויים.