חוקי האנטישמיות של וישי באלג'יריה החל מ-1940 הכו קשות ביהודי אלג'יריה.
במסגרת מדיניותו האנטישמית, ביטל משטר וישי את צו כרמייה בחוק מ-7 באוקטובר 1940. צעד אכזרי זה שלל מכ-110,000 יהודי אלג'יריה את אזרחותם ואת זכותם הצרפתית, והעמיד אותם במצב של פגיעות קשה. היהודים הוכפפו ל'תקנון היהודים', הודרו מן המקצועות החופשיים ומן המשרות הציבוריות, והוכפפו לנומרוס קלאוזוס במערכת החינוך. בני שושלת אנקאווא נמנים עם אלה שהודרו מבתי הספר ומן המקצועות. צו כרמייה הושב על כנו באופן רשמי רק ב-21 באוקטובר 1943, על ידי הוועד הצרפתי לשחרור הלאומי, לאחר נחיתת בעלות הברית בצפון אפריקה בנובמבר 1942.
בין אוקטובר 1940 לאוקטובר 1943 חוו יהודי אלג'יריה תקופה של נישול והשפלה שיטתית. הילדים הודרו מבתי הספר הציבוריים (מגבלות הנומרוס קלאוזוס של 14% ולאחר מכן 7%), המקצועות החופשיים נסגרו, והעסקים 'אורינו' (הוחרמו לטובת ארים). עבור בני אנקאווא, שאזרחותם הצרפתית הייתה מושרשת היטב מזה 70 שנה, נחוותה נסיגה זו כטראומה עמוקה. הקהילה היהודית של והראן, שבה התגוררו רבים מבני אנקאווא, נפגעה במיוחד מן הצעדים המפלים ומאקלים האנטישמיות שליבתה תעמולת וישי.
עצמאות אלג'יריה ביולי 1962 גרמה ליציאה המונית של כ-130,000 יהודים, רובם אל צרפת המטרופוליטנית ומקצתם אל ישראל. עבור בני אנקאווא, פירוש הדבר היה קץ נוכחות של קרוב לחמש מאות שנה באלג'יריה — מאז השתקעותו של אפרים אלנקאווא בתלמסאן בשנת 1391. העזיבה נעשתה בבהילות ובכאב: המשפחות נטשו בתים שהיו מיושבים מזה דורות, בתי כנסת שבנו אבותיהם, ובתי קברות שבהם נחו מתיהם. הקהילה היהודית של תלמסאן, שעדיין מנתה כמה מאות חברים, התפזרה בתוך שבועות אחדים, בעיקר אל פריז, מרסיי ומונפלייה.
ההגעה אל צרפת המטרופוליטנית סימנה עבור בני אנקאווא ראשיתו של עידן חדש. המוחזרים נאלצו לבנות מחדש את חייהם בארץ שראו בה את ארצם (הודות לצו כרמייה), אך שלא אחת קיבלה אותם באדישות או בעוינות. אל מול מבחן זה גילו בני אנקאווא את אותה עמידות שגילו אבותיהם לאחר 1391 ו-1492: הם שיקמו רשתות קהילתיות, ייסדו עמותות תרבות ושמרו על זכר המקומות שננטשו. עמותות כגון MORIAL (זיכרון ומסורות של יהודי אלג'יריה), שדידייה נבו הוא נשיאה לכבוד, ממלאות תפקיד מהותי בשימור מורשת זו.