'כתב היד הקדוש' מביא הבהרות מהותיות — לעיתים קרובות חדשות לגמרי — על כמה מדמויות שושלת אנקאווא, על ההקשר ההיסטורי של רדיפות 1391, ועל הזיכרון העממי האופף את רב תלמסאן עד ימינו.
נבו מבהיר כי ישראל אלנקוּעא נשרף חי ב-6 ביוני 1391 בבית הכנסת באסיחה (סמוך לסביליה), בעודו מתפלל. המחבר מציג אותו כקדוש הראשון של הטבח הנורא של 1391. הסיבה הישירה למות הקדושים שלו הייתה קשורה קשר הדוק ליצירתו: זה עתה כתב את 'מנורת המאור' (מנורת האור), ספר שנועד להפוך את התורה נגישה לכול — דבר שבעיני רודפיו היווה חתרנות מסוכנת. המסורת מספרת שמת על המוקד כשהוא אוחז ספר תורה בידו. ה-Encyclopedia Judaica מוסרת גרסה שונה במקצת: במהלך ההתקפה על הקהילה היהודית בטולדו, הוא הותקף באכזריות ונגרר ברחוב. שתי הגרסאות מעידות על האכזריות הקיצונית של האירועים.
נבו משרטט בדייקנות את ההיסטוריה יוצאת הדופן של כתב היד המרכזי של אפרים אלנקוּעא, מאז כתיבתו במאה ה-15 בתלמסאן ועד שמירתו בספריית הבודליאנה באוקספורד. הוא מספר על מסעו המופלא של שמואל סולטן, שנשלח על ידי הרב חיים בליח (1832-1919) מתלמסאן, אשר נסע לאוקספורד בשלהי המאה ה-19. הותר לו להעתיק את כתב היד, אך לא להשיבו. עותקים אלה אפשרו, בשנת 1902, את הוצאתה לאור בתוניס של מהדורה מבוארת, בתוספת הקדמה ופירוש בשם 'פתח השער' (פתיחת השער). דרך יצירה זו מופיע הרב אפרים אלנקוּעא כפילוסוף המגן על העמדות הרציונליסטיות של הרמב"ם אל מול המסורת המיסטית המיוצגת בידי הרמב"ן — המעביר של הרעיון שלפיו המחשבה המקראית והמחשבה הרציונלית אינן רק מתיישבות זו עם זו, אלא שחיבורן תורם להעשרת המשמעות העמוקה של התורה.
הספר מפרט בדייקנות מטלטלת את הדרשות שטופות-השנאה של ארכי-הדיאקון פרן מרטינס מאסיחה, אשר כבר ב-1388 קרא בגלוי להשמדת בתי הכנסת. הוא משרטט את מהלך מהומות יוני 1391 בערי אנדלוסיה וקסטיליה: בתוך שלושה חודשים נספו למעלה מ-4,000 יהודים, ועשרות אלפים נאלצו להמיר את דתם בכפייה — המרות שהזינו בהמשך את מוקדי האינקוויזיציה. נבו מראה כיצד אירועים אלה משתלבים ברצף של אלימות שיוביל בהכרח אל צו הגירוש מ-31 ביולי 1492. בהקשר זה של אימה ברחו צאצאי ישראל אלנקוּעא מספרד הקתולית אל ארצות מסבירות-פנים יותר.
אחת התרומות המרתקות ביותר של נבו היא ניתוחו את אגדת האריה, שלפיה רכב הרב אפרים אלנקוּעא על חיית טרף כדי להיכנס בניצחון אל תלמסאן. נבו מציע לה הסבר רציונלי שאינו גורע כהוא זה מן המשמעות הסמלית של הסיפור: האריה מסמל את סולטן תלמסאן, אשר התחנן בפני אפרים, בהיותו רופא שהוכשר באוניברסיטת פלנסיה, שיציל את בתו החולה. אפרים ריפא את הילדה בתרופות על בסיס ארס נחש, פרקטיקה טיפולית רגילה באותה תקופה. הילדה ניצלה והרב שב מנצח. כגמול קיבל שתי הטבות מכריעות: היתר ליהודים להתיישב במרכז העיר (הרובע המכונה «אל מרג'ה») ורישיון למשפחות יהודיות מספרד ומאיי הבליאריים לבוא ולהתיישב בתלמסאן.
נבו מוסר עדויות חיות ונרגשות על ההערצה העממית סביב קבר הרב, הן בקרב היהודים והן בקרב המוסלמים באזור תלמסאן. מאז מותו בשנת 1442 ועד שנת 2005 היה מקום קבורתו מקום עלייה לרגל שאליו באו מאמינים מכל הדתות לבקש מרפא וברכה. נבו מוסר כמה עדויות על ריפויים ניסיים המיוחסים לרב, ובהם זה של ילד משותק שלכאורה שב לעמוד על רגליו לפני מעיין הרב, בשומעו קול: «קום והלך!» בצוואת הרב מובאים שני ציוויים נבואיים: «אני מותיר לכם שני מעיינות: מעיין המים לחזק את גופכם ומעיין התורה המסמל את חיי הנצח.» בית כנסת מוקדש לו בירושלים; רחוב נושא עדיין את שמו בתלמסאן.
התרומה היסודית של 'כתב היד הקדוש' טמונה ביכולתו לגשר בין שני עולמות: עולם המחקר האקדמי (המיוצג בידי דוד אנקאווא בעבודותיו ב-Généalo-J וב-L'Harmattan) ועולם הסיפור החי, הבשרי, הרגשי. במקום שהאחד מביא את דקדקנות המקורות ואת דייקנות הניתוחים, האחר מחזיר את האנושיות של הדמויות ואת ההיקף האוניברסלי של גורלן. יחד מציעות שתי גישות אלה את התמונה השלמה ביותר שנעשתה אי-פעם של שושלת אנקאווא — מן הרחובות מוכי-הדם של אסיחה ב-1391 ועד בתי הכנסת בירושלים והספריות באוקספורד שבהן ישנים עדיין כתבי היד של משפחה יוצאת דופן זו.