בני אנקאווא תרמו להחדרתה ולהפצתה של הקבלה הלוריאנית במגרב.
לאחר גירוש היהודים מספרד בשנת 1492 התיישבו במגרב תלמידי חכמים ספרדים רבים, ונשאו עמם את תרבות הקבלה ואת סמכותו של ספר הזוהר, שהפך לטקסט מרכזי בחצי האי האיברי. בהדרגה התקבל הזוהר (שחובר במאה השלוש-עשרה בידי משה די ליאון בספרד) על נרחב כחלק מן הקאנון הקדוש בקרב הקהילות היהודיות בצפון אפריקה. פירוש על קטעים מספר הזוהר, המיוחס לרב אברהם אנקאווא מפאס, מצוטט במספר חיבורים מאוחרים יותר. הנוהג הקבלי של הקמיעות (קמעות) ידע התפתחות מיוחדת בהקשר המגרבי, שם נמזג בפרקטיקות ריפוי מקומיות.
מייסד השושלת הצפון-אפריקאית, אפרים אלנקאווא, מגלם לבדו את המתח היוצר בין הרציונליזם למיסטיקה המאפיין את בני אנקאווא. חיבורו 'שער כבוד ה'' מגן על הרציונליזם של הרמב"ם, אך המושג המרכזי של כבוד (הכבוד האלוהי) שואל מלשון המיסטיקה היהודית. הפרק הרביעי בחיבורו, המוקדש לכבוד האלוהים, משלב יסודות ממיסטיקת המרכבה תוך פירושם במסגרת פילוסופית. סינתזה נדירה זו שבין שכל ומיסטיקה תהיה לחותם האינטלקטואלי של השושלת.
ההערצה סביב קברו של הרב אפרים בתלמסאן, שנמשכה למעלה מחמש מאות שנה (1442–2005), מעידה על הממד המיסטי של מורשת אנקאווא. מעיין המים הנובע סמוך לקבר, הריפויים הנסיים שדיווחו עליהם העולים לרגל, ההילולה הנחוגה בה' באייר — כל אלה נמנים על אדיקות עממית הניזונה עמוקות מן הקבלה. צוואת הרב, המזכירה את 'שני המקורות' — המים והתורה — מהדהדת את הסמליות הקבלית של הספירות, שבה המים מייצגים את ספירת החסד והתורה את ספירת התפארת (ההרמוניה).
לפי מחקריו של ההיסטוריון חיים זעפרני, הקבלה לא נותרה במגרב הגות שמורה לאליטה למדנית. היא הִחְלִיפה את הליטורגיה, המשפט, השירה, המוזיקה ואף את מנהגי היום-יום. הזוהר הביא ממד מיסטי לפרקטיקות הדתיות, והפך כל מעשה לחוויה רוחנית. פולחן הצדיקים, מרכזיותו של בית הקברות בגיאוגרפיה הרוחנית של הקהילות, והנוהג של ההילולות — כל אלה תווי היהדות המגרבית שמקורם במסורת הקבלית, שהתחזקה בידי הספרדים. חוקרים אחדים מדגישים כי מיסטיקה יהודית זו חלקה זיקות רוחניות עם הזרמים המיסטיים המוסלמיים המקומיים (סופיות, מַרַבּוּטיזם), ויצרה גיאוגרפיה קדושה משותפת, אם כי נבדלת מבחינה תיאולוגית.
במאה השש-עשרה התפשטה הקבלה הלוריאנית — שאותה גיבש רבי יצחק לוריא (האר"י) בצפת שבגליל — בכל העולם היהודי, ובכלל זה במגרב. מושגי הצמצום (ההתכווצות האלוהית), שבירת הכלים והתיקון (התיקון הקוסמי) שולבו בליטורגיה ובמנהגי האדיקות העממית של הקהילות הצפון-אפריקאיות. בני אנקאווא, מתוקף מעמדם הרבני והאינטלקטואלי כאחד, מילאו תפקיד בשילוב זרמים קבליים חדשים אלה במסורת המקומית, תוך שמירה על המתח היוצר בין הרציונליזם הרמב"מי למיסטיקה הזוהרית המאפיין את גישת המשפחה מאז 'שער כבוד ה'' של אפרים אלנקאווא.