כיבוש אלג'יריה החל מ-1830 וצו כרמייה מ-1870 שינו באופן קיצוני את מצב הקהילות היהודיות.
צו כרמייה, שהתקבל ב-24 באוקטובר 1870 על ידי ממשלת ההגנה הלאומית (שאדולף כרמייה היה בה שר המשפטים), העניק מאליו את האזרחות הצרפתית ל'ישראלים הילידים' של אלג'יריה. כ-35,000 יהודי אלג'יריה עברו בכך ממעמד הילידים אל המשפט הצרפתי הכללי, בעוד האוכלוסיות המוסלמיות נותרו כפופות לחוק הילידוּת. צו זה שינה באופן קיצוני את מצב הקהילות היהודיות באלג'יריה, ופתח בפניהן את הגישה לחינוך הצרפתי, למקצועות החופשיים ולחיים הפוליטיים. עבור בני אנקאווא, הוא יצר מתח חסר תקדים בין המסורת הרבנית העתיקה לבין המודרניות הרפובליקנית הצרפתית.
הרב יעקב אנקאווא, רבה הראשי של והראן במחצית השנייה של המאה ה-19, גילם מתח זה בחריפות מיוחדת. בשנת 1878 פרסם אסופת שו"ת בשם 'יגל יעקב', אחת מאסופות השו"ת הגדולות האחרונות שהפיקה המסורת הרבנית האלג'יראית לפני השבר של מלחמת העולם השנייה. בפסקיו ההלכתיים נאלץ לנווט בין דרישות המשפט הצרפתי לבין עקרונות המשפט הרבני, ובכך המציא הלכה כלאיים המעידה על מורכבות התנאי היהודי באלג'יריה הקולוניאלית.
ארגון 'כל ישראל חברים' (אליאנס ישראלית כלל-עולמית), שנוסד בפריז בשנת 1860, פתח בתי ספר בכל רחבי המגרב, ובכלל זה בערים שבהן כיהנו בני אנקאווא ברבנות. בתי ספר אלה לימדו צרפתית, מדעים ועברית מודרנית, ושינו מן היסוד את הקהילות היהודיות של צפון אפריקה. יחסם של בני אנקאווא אל האליאנס היה מורכב: בסאלי אימץ רפאל אנקאווא בסופו של דבר יחס אוהד כלפי הארגון, שכן הוא אפשר את לימוד העברית והצרפתית בעת ובעונה אחת, ובפרט עבור הנערות שהודרו עד אז מן ההשכלה. בוהראן ובתלמסאן ליוו רבני אנקאווא מעבר זה בפרגמטיות, בראותם בחינוך הצרפתי כלי לשחרור התואם את הנאמנות לתורה.