Il patronimico Encaoua ha suscitato tra i filologi e gli storici interpretazioni molteplici e talvolta contraddittorie. Tre grandi ipotesi emergono dalla letteratura erudita.
La prima interpretazione fa del nome Encaoua una trascrizione fonetica dell'espressione ebraico-aramaica עֵין קַוָּא (Ein Kawa), che può tradursi con «fonte della misura» o «sorgente del canone». Il termine קַוָּא (kawa) rimanda al qav, unità di misura ebraica e aramaica menzionata nella Mishnà.
La seconda interpretazione collega il nome all'arabo ابن قاوة (Ibn Qawa), «figlio di Qawa». La forma Hencaoua si trova in documenti arabi medievali, in particolare in atti notarili di Granada e Siviglia conservati nell'Archivo Histórico Nacional di Madrid.
Una terza scuola di pensiero, rappresentata dallo storico Gabriel Camps, suggerisce che il radicale kawa o cawa sia di origine berbera, imparentato con il tamazight che designa un particolare tipo di terreno o di insediamento umano. Camps ricorda che numerose famiglie ebree del Nord Africa portano nomi di origine berbera (Azoulay, Medioni, Berdugo, Abitbol), riflettendo l'antichità della simbiosi giudeo-berbera. Secondo questa ipotesi, il nome sarebbe stato adottato ancora prima dell'arrivo in Spagna — il che contraddirebbe l'idea di un'origine esclusivamente iberica della famiglia.
Secondo la Jewish Encyclopedia, si trovano almeno quattro grafie in caratteri ebraici e numerose calligrafie in caratteri latini: Al-Naqua, Alnakaoua, Al-Naqwa, Alnucawi, Ankoa, Kaoua, N'Kaoua (Nkaoua), Ankaoua, Enkaoua, Encaoua, Ankawa, Enkawa e Elnekave (o Elnecavé). Quest'ultima forma, Elnekave, è la variante ebraizzata moderna utilizzata principalmente in Israele e nei paesi anglofoni, mentre le forme Ankawa e Enkawa si trovano in Marocco e in Algeria. Secondo Alexander Beider, il nome è di natura monogenetica, sorto in un unico luogo, in un'epoca precisa, portato da una famiglia ben determinata.
La persistenza del patronimico Encaoua attraverso sette secoli illustra un fenomeno caratteristico della tradizione sefardita: la trasmissione del nome come marcatore identitario sacro. A differenza di numerose famiglie ebree ashkenazite che adottarono patronimici imposti dalle amministrazioni europee nel XVIII secolo, le famiglie sefardite come gli Encaoua conservarono il loro nome medievale senza interruzione. Questa fedeltà onomastica si spiega con la struttura comunitaria dell'ebraismo maghrebino, dove il nome di famiglia garantiva l'accesso a certe funzioni rabbiniche ereditarie. Il patronimico funzionava così come un titolo di nobiltà intellettuale, attestando l'appartenenza a un lignaggio di sapienti e di giudici.
Una delle questioni più dibattute dagli storici è sapere se tutte le famiglie che portano le diverse varianti del nome discendano da un antenato comune. Alexander Beider, nel suo Dictionary of Jewish Surnames from Maghreb (2017), si orienta nettamente verso la monogenesi: il nome sarebbe sorto una sola volta, nella Castiglia medievale, probabilmente a Toledo o Siviglia nel XII secolo, e tutti i rami attuali discenderebbero da questo ceppo unico. Questa ipotesi è rafforzata dalla coerenza geografica della dispersione: gli Encaoua si trovano soltanto in luoghi storicamente legati all'itinerario Spagna → Maghreb (Tlemcen, Orano, Salé, Fès), mai nelle comunità ashkenazite né nell'Impero ottomano — il che sarebbe difficile da spiegare se il nome avesse origini molteplici e indipendenti.