Le leggi antisemite di Vichy in Algeria a partire dal 1940 colpirono duramente gli ebrei d'Algeria.
Nel quadro della sua politica antisemita, il regime di Vichy abrogò il Decreto Crémieux mediante la legge del 7 ottobre 1940. Questa misura brutale privò circa 110 000 ebrei algerini della loro nazionalità e della cittadinanza francese, ponendoli in una situazione di grande vulnerabilità. Gli ebrei furono sottoposti allo Statuto degli Ebrei, esclusi dalle professioni liberali, dalle funzioni pubbliche, e sottoposti al numerus clausus nell'istruzione. Membri del casato Encaoua figurano tra coloro che furono esclusi dalle scuole e dalle professioni. Il Decreto Crémieux fu ripristinato ufficialmente soltanto il 21 ottobre 1943, dal Comitato Francese di Liberazione Nazionale, dopo lo sbarco alleato nel nord Africa del novembre 1942.
Tra l'ottobre 1940 e l'ottobre 1943, gli ebrei d'Algeria vissero un periodo di spoliazione e di umiliazione sistematica. I bambini furono esclusi dalle scuole pubbliche (limiti del numerus clausus al 14% e poi al 7%), le professioni liberali chiuse, le imprese 'arianizzate'. Per gli Encaoua, la cui cittadinanza francese era solidamente radicata da 70 anni, questa regressione fu vissuta come un trauma profondo. La comunità ebraica di Oran, dove vivevano numerosi Encaoua, fu particolarmente colpita dalle misure discriminatorie e dal clima di antisemitismo alimentato dalla propaganda vichysta.
L'indipendenza dell'Algeria nel luglio 1962 provocò l'esodo massiccio di circa 130 000 ebrei, la maggior parte verso la Francia metropolitana, alcuni verso Israele. Per gli Encaoua, ciò significava la fine di una presenza di quasi cinque secoli in Algeria — dall'insediamento di Éphraïm Al-Naqua a Tlemcen nel 1391. La partenza avvenne nell'urgenza e nel dolore: le famiglie lasciavano case abitate per generazioni, sinagoghe costruite dai loro antenati, cimiteri dove riposavano i loro morti. La comunità ebraica di Tlemcen, che contava ancora alcune centinaia di membri, si disperse in poche settimane, principalmente verso Parigi, Marsiglia e Montpellier.
L'arrivo nella Francia metropolitana segnò per gli Encaoua l'inizio di una nuova era. I rimpatriati dovettero ricostruire le loro vite in un paese che consideravano come il proprio (grazie al Decreto Crémieux), ma che spesso li accoglieva con indifferenza o ostilità. Di fronte a questa prova, gli Encaoua diedero prova della stessa resilienza dei loro antenati dopo il 1391 e il 1492: ricostituirono reti comunitarie, fondarono associazioni culturali, mantennero viva la memoria dei luoghi abbandonati. Associazioni come MORIAL (Memoria e tradizioni degli Ebrei d'Algeria), di cui Didier Nebot è presidente onorario, svolgono un ruolo essenziale nella preservazione di questo patrimonio.