Le Manuscrit Sacré apporta precisazioni essenziali — spesso inedite — su diverse figure del lignaggio Encaoua, sul contesto storico delle persecuzioni del 1391 e sulla memoria popolare che circonda il Rab di Tlemcen fino ai nostri giorni.
Nebot precisa che Israël Al-Naqua fu bruciato vivo il 6 giugno 1391 nella sinagoga di Écija (vicino a Siviglia), mentre stava pregando. L'autore lo presenta come il primo martire delle terribili stragi del 1391. La causa diretta del suo martirio sarebbe stata strettamente legata alla sua opera: aveva appena scritto il Menorat ha-Maor (Il Candelabro di Luce), un libro destinato a rendere la Torà accessibile a tutti — il che, agli occhi dei suoi persecutori, costituiva una pericolosa sovversione. La tradizione narra che perì sul rogo tenendo in mano un Sefer Torà. L'Encyclopedia Judaica offre una versione leggermente diversa: durante l'aggressione contro la comunità ebraica di Toledo, sarebbe stato selvaggiamente aggredito e trascinato per la strada. Entrambe le versioni testimoniano la brutalità estrema degli avvenimenti.
Nebot ricostruisce con precisione la straordinaria storia del principale manoscritto di Ephraïm Al-Naqua, dalla sua redazione nel XV secolo a Tlemcen alla sua conservazione presso la Bodleian Library di Oxford. Racconta il notevole viaggio di Samuel Sultan, incaricato dal rabbino Haïm Bliah (1832-1919) di Tlemcen, che si recò a Oxford alla fine del XIX secolo. Gli fu permesso di copiare il manoscritto, ma non di portarlo via. Queste copie permisero, nel 1902, la pubblicazione a Tunisi di un'edizione commentata, arricchita di un'introduzione e di un commento intitolato Petah ha Chahar (Apertura del Portico). Attraverso quest'opera, il Rab Ephraïm Al-Naqua appare come un filosofo che difende le tesi razionaliste di Maimonide di fronte alla tradizione mistica rappresentata da Nachmanide — il trasmettitore dell'idea che il pensiero biblico e il pensiero razionale non siano soltanto compatibili, ma che la loro combinazione contribuisca ad arricchire il senso profondo della Torà.
Il libro dettaglia con una precisione agghiacciante le prediche d'odio dell'arcidiacono Ferran Martínez di Écija, che già dal 1388 invitava apertamente alla distruzione delle sinagoghe. Ricostruisce lo svolgimento dei disordini del giugno 1391 nelle città dell'Andalusia e della Castiglia: in tre mesi, più di 4.000 ebrei perirono, diverse decine di migliaia furono costretti alla conversione — conversioni che alimentarono poi i roghi dell'Inquisizione. Nebot mostra come questi avvenimenti si inseriscano in un continuum di violenza che condurrà inesorabilmente al decreto di espulsione del 31 luglio 1492. È in questo contesto di terrore che i discendenti di Israël Al-Naqua fuggirono dalla Spagna cattolica verso terre più ospitali.
Uno dei contributi più affascinanti di Nebot è la sua analisi della leggenda del leone, secondo la quale il Rab Ephraïm Al-Naqua avrebbe cavalcato una fiera per entrare trionfalmente a Tlemcen. Nebot propone una spiegazione razionale che non diminuisce affatto la portata simbolica del racconto: il leone simboleggia il sultano di Tlemcen, che supplicò Ephraïm, in quanto medico formato all'Università di Palencia, di salvare la sua figlia malata. Ephraïm curò la bambina con medicamenti a base di veleno di serpente, pratica terapeutica classica all'epoca. La bambina guarì e il Rab tornò trionfante. Come ricompensa, ottenne due favori decisivi: il permesso di far insediare gli ebrei nel centro della città (il quartiere chiamato «El Merja») e l'autorizzazione a far venire a stabilirsi a Tlemcen famiglie ebree provenienti dalla Spagna e dalle Isole Baleari.