Gli Encaoua contribuirono all'introduzione e alla diffusione della Qabbalà lurianica nel Maghreb.
In seguito all'espulsione degli ebrei dalla Spagna nel 1492, numerosi eruditi sefarditi si insediarono nel Maghreb, portando con sé la cultura cabalistica e l'autorità dello Zohar, che era diventato un testo centrale nella penisola iberica. Gradualmente, lo Zohar (composto nel XIII secolo da Mosè da León in Spagna) fu ampiamente accettato come parte del canone sacro all'interno delle comunità ebraiche del nord Africa. Un commento a passi del Sefer haZohar, attribuito a un Rav Avraham Encaoua di Fès, è citato in diverse opere successive. La pratica cabalistica degli amuleti (kameot) conobbe uno sviluppo particolare nel contesto maghrebino, dove si mescolò con pratiche terapeutiche locali.
Il fondatore del casato nordafricano, Éphraïm Al-Naqua, incarna da solo la tensione creativa tra razionalismo e mistica che caratterizza gli Encaoua. Il suo Sha'ar Kevod Hashem difende il razionalismo di Maimonide, ma il concetto centrale di Kavod (Gloria divina) attinge dal vocabolario della mistica ebraica. Il capitolo IV del suo trattato, dedicato alla Gloria di Dio, integra elementi della mistica della Merkavà (Carro divino) interpretandoli al contempo in una cornice filosofica. Questa rara sintesi tra ragione e mistica diventerà il sigillo intellettuale del casato.
La venerazione attorno alla tomba del Rab Éphraïm a Tlemcen, che perdurò per più di cinque secoli (1442-2005), attesta la dimensione mistica dell'eredità Encaoua. La sorgente d'acqua che scaturisce vicino al sepolcro, le guarigioni miracolose riferite dai pellegrini, la hillula celebrata il 5 di Iyar — tutto ciò appartiene a una pietà popolare profondamente nutrita dalla Qabbalà. Il testamento del Rab, che menziona le 'due sorgenti' — l'acqua e la Torah — risuona con il simbolismo cabalistico delle Sefirot, dove l'acqua rappresenta la Sefirah di Hessed (bontà) e la Torah quella di Tiferet (armonia).
Secondo i lavori dello storico Haïm Zafrani, la Qabbalà non rimase nel Maghreb come speculazione riservata a un'élite erudita. Impregnò la liturgia, il diritto, la poesia, la musica e persino i gesti della quotidianità. Lo Zohar apportò una dimensione mistica alle pratiche religiose, trasformando ogni atto in un'esperienza spirituale. Il culto dei santi (tsadikim), la centralità del cimitero nella geografia spirituale delle comunità, e la pratica delle hiloulot — altrettanti tratti dell'ebraismo maghrebino che trovano la loro fonte nella tradizione cabalistica rafforzata dai sefarditi. Alcuni ricercatori sottolineano che questa mistica ebraica condivideva affinità spirituali con le correnti mistiche musulmane locali (sufismo, marabuttismo), creando una geografia sacra comune, sebbene teologicamente distinta.
Nel XVI secolo, la Qabbalà lurianica — elaborata dal Rabbi Isaac Luria (l'ARI) a Safed, in Galilea — si diffuse in tutto il mondo ebraico, Maghreb compreso. I concetti di tsimtsum (contrazione divina), di chevirat hakelim (rottura dei vasi) e di tiqqun (riparazione cosmica) furono integrati nella liturgia e nelle pratiche di pietà popolare delle comunità nordafricane. Gli Encaoua, per la loro posizione insieme rabbinica e intellettuale, svolsero un ruolo nell'integrazione di queste nuove correnti cabalistiche nella tradizione locale, mantenendo al contempo la tensione creativa tra razionalismo maimonideo e mistica zoharica che caratterizza l'approccio familiare fin dallo Sha'ar Kevod Hashem di Éphraïm Al-Naqua.