Le prime menzioni indiscutibili del nome Encaoua appaiono in raccolte di responsa del XII secolo.
Un responsum particolarmente importante, conservato nella raccolta delle teshuvot del Rav Yossef Ibn Migash (1077-1141), fa riferimento a un «Rav Choushan Encaoua». Il Rav Yossef Ibn Migash, discepolo di Rabbì Isaac Al-Fasi (il Rif) e maestro di Maimonide secondo certe tradizioni, dirigeva la yeshivà di Lucena. Il fatto che un Encaoua intrattenesse corrispondenza con questa suprema autorità dell'ebraismo iberico attesta il rango elevato della famiglia già nel XII secolo.
Un atto conservato nell'Archivo de la Corona de Aragón, datato 1289, menziona un «Mossé Encaoua» come rabbino della comunità ebraica (aljama) di Huesca. Gli archivi della Corona d'Aragona figurano tra i più ricchi d'Europa per documentare la vita delle comunità ebraiche medievali. Le aljamas (comunità ebraiche autonome) disponevano di carte reali che garantivano loro una giurisdizione propria, e i rabbini vi esercitavano funzioni al tempo stesso spirituali e giudiziarie.
Le menzioni documentate degli Encaoua in diverse città della penisola iberica — Toledo, Siviglia, Saragozza, Huesca — rivelano una mobilità geografica caratteristica delle élite rabbiniche medievali. I grandi rabbini circolavano tra le aljamas al filo delle nomine e delle controversie halachiche. La rete delle comunità ebraiche di Spagna, che contava nel suo apogeo nel XIII secolo più di 200 aljamas, funzionava come un tessuto intellettuale denso dove idee, manoscritti e controversie viaggiavano con i rabbanim. Il fatto che alcuni Encaoua siano attestati simultaneamente nei regni di Castiglia (Toledo, Siviglia) e di Aragona (Huesca, Saragozza) testimonia l'ampiezza di questa rete familiare già dal XIII secolo.
Dopo il 1492, gli archivi dell'Inquisizione spagnola forniscono, paradossalmente, informazioni preziose sulle famiglie ebraiche di prima dell'espulsione. I processi intentati ai conversos (ebrei convertiti al cristianesimo) contengono spesso testimonianze che menzionano le famiglie di origine degli accusati. Diversi fascicoli conservati nell'Archivo Histórico Nacional di Madrid fanno riferimento ad «Abencava» o «Encahua» tra le famiglie la cui ortodossia cristiana dei discendenti era messa in dubbio — prova che il nome Encaoua era sufficientemente noto da attirare l'attenzione degli inquisitori, e che certi membri della famiglia avevano scelto la conversione piuttosto che l'esilio nel 1492.