Né à Tolède en 1359, Ephraïm Al-Naqua est le fils du rabbin et moraliste Israël Al-Naqua. Fuyant les pogroms de 1391, il s'établit à Tlemcen où il devint une figure légendaire.
Son père était partisan d'une éducation combinant le sacré et le profane. Ephraïm étudia la médecine à l'Université de Palencia, l'une des premières universités d'Europe, fondée en 1212. À 32 ans, en 1391, il quitta l'Espagne en compagnie du Ribach (Rabbi Isaac Bar Sheshet Perfet) et du Rachbats (Rabbi Shimon ben Tsemah Duran), deux des plus grands décisionnaires de leur génération. La route le mena d'abord à Marrakech, puis au port d'Honein (actuelle Honaïne, province de Tlemcen), avant qu'il ne s'établisse définitivement dans la capitale zianide. Ce voyage de plusieurs mois, à travers la Méditerranée occidentale puis les routes caravanières du Maghreb, fut partagé par des milliers de réfugiés juifs qui fuyaient les violences ibériques. L'arrivée de ces megorashim (expulsés) transforma profondément les communautés juives du Maghreb, apportant un souffle intellectuel et économique nouveau.
La légende du lion — par laquelle le Rab chevaucha un fauve — trouve une explication rationnelle : le lion symbolise le sultan, qui le supplie de sauver sa fille malade. Ephraïm soigne l'enfant. Le Rab obtient deux faveurs : la permission pour les Juifs de s'installer dans le centre de la ville, et l'autorisation pour des familles juives d'Espagne de venir à Tlemcen.
Le Sha'ar Kevod Hashem (שער כבוד ה׳, « La Porte de la Gloire de Dieu ») est son œuvre philosophique principale, une défense systématique de la philosophie de Maïmonide contre les critiques de Nahmanide. Le manuscrit original est conservé à la Bodleian Library d'Oxford. Samuel Sultan en fit des copies à la fin du XIXe siècle. En 1902, une édition commentée parut à Tunis, avec le commentaire Petah HaSha'ar de Rabbi Haïm Beliah. Une édition moderne parut à Jérusalem en 1986. La première traduction française intégrale de cette œuvre est désormais accessible sur Encaoua.org, depuis le menu Explorer → Kevod Hashem.
Un piyout pour la fête de Roch Hachana, construit selon un acrostiche alphabétique, est encore chanté dans certaines synagogues de tradition oranaise et tlemcénienne. Sa mélodie, d'inspiration arabo-andalouse, est l'une des plus belles de ce répertoire.
Le Rab s'éteignit le 13 novembre 1442 (1er Kislev 5202) à l'âge de 82 ans. Son épitaphe : « Ici repose celui qui fut notre orgueil, notre couronne, la lumière d'Israël… » Depuis sa mort et jusqu'en 2005, son caveau fut un lieu de pèlerinage pour Juifs et Musulmans of toutes origines. Une synagogue lui est dédiée à Jérusalem ; une rue porte son nom à Tlemcen.
Pour comprendre l'accueil exceptionnel réservé à Éphraïm Al-Naqua, il faut replacer son arrivée dans le contexte politique de Tlemcen sous la dynastie zianide (1235-1554). Les Zianides, dynastie berbère des Banou Ziane, firent de Tlemcen l'une des capitales les plus brillantes du Maghreb médiéval, rivale de Fès et de Tunis. Soucieux de développer le commerce et la diplomatie, les sultans zianides accueillirent favorablement les réfugiés juifs d'Espagne, reconnaissant leurs compétences médicales, commerciales et intellectuelles. La communauté juive de Tlemcen, attestée depuis le Xe siècle par la correspondance entre des érudits locaux et les geonim d'Irak, fut considérablement renforcée par ces vagues migratoires. La conquête almohade de 1146 avait temporairement dévasté la communauté, mais la montée des Zianides en 1248 marqua le début d'une période de reconstitution et de prospérité.