Le patronyme Encaoua a suscité chez les philologues et les historiens des interprétations multiples et parfois contradictoires. Trois grandes hypothèses se dégagent de la littérature savante.
La première interprétation fait du nom Encaoua une transcription phonétique de l'expression hébraïco-araméenne עֵין קַוָּא (Ein Kawa), qui peut se traduire par « source de la mesure » ou « fontaine du canon ». Le terme קַוָּא (kawa) renverrait au qav, unité de mesure hébraïque et araméenne mentionnée dans la Michna.
La deuxième interprétation rattache le nom à l'arabe ابن قاوة (Ibn Qawa), « fils de Qawa ». La forme Hencaoua se retrouve dans des documents arabes médiévaux, notamment dans des actes notariaux de Grenade et de Séville conservés à l'Archivo Histórico Nacional de Madrid.
Une troisième école de pensée, représentée par l'historien Gabriel Camps, suggère que le radical kawa ou cawa est d'origine berbère, apparenté au tamazight désignant un type particulier de terrain ou d'établissement humain. Camps rappelle que de nombreuses familles juives d'Afrique du Nord portent des noms d'origine berbère (Azoulay, Medioni, Berdugo, Abitbol), reflétant l'ancienneté de la symbiose judéo-berbère. Selon cette hypothèse, le nom aurait été adopté avant même l'arrivée en Espagne — ce qui contredirait l'idée d'une origine exclusivement ibérique de la famille.
Selon la Jewish Encyclopedia, on trouve au moins quatre graphies en caractères hébraïques et de nombreuses calligraphies en caractères latins : Al-Naqua, Alnakaoua, Al-Naqwa, Alnucawi, Ankoa, Kaoua, N'Kaoua (Nkaoua), Ankaoua, Enkaoua, Encaoua, Ankawa, Enkawa et Elnekave (ou Elnecavé). Cette dernière forme, Elnekave, est la variante hébraïsée moderne utilisée principalement en Israël et dans les pays anglophones, tandis que les formes Ankawa et Enkawa se retrouvent au Maroc et en Algérie. Selon Alexander Beider, le nom est de nature monogénétique, apparu en un seul lieu, à une période donnée, porté par une famille bien déterminée.
La persistance du patronyme Encaoua à travers sept siècles illustre un phénomène caractéristique de la tradition séfarade : la transmission du nom comme marqueur identitaire sacré. Contrairement à de nombreuses familles juives ashkénazes qui adoptèrent des patronymes imposés par les administrations européennes au XVIIIe siècle, les familles séfarades comme les Encaoua conservèrent leur nom médiéval sans interruption. Cette fidélité onomastique s'explique par la structure communautaire du judaïsme maghrébin, où le nom de famille garantissait l'accès à certaines fonctions rabbiniques héréditaires. Le patronyme fonctionnait ainsi comme un titre de noblesse intellectuelle, attestant l'appartenance à une lignée de savants et de juges.
L'une des questions les plus débattues par les historiens est de savoir si toutes les familles portant les différentes variantes du nom descendent d'un ancêtre commun. Alexander Beider, dans son Dictionary of Jewish Surnames from Maghreb (2017), penche nettement en faveur de la monogenèse : le nom serait apparu une seule fois, dans la Castille médiévale, probablement à Tolède ou Séville au XIIe siècle, et toutes les branches actuelles descendraient de cette souche unique. Cette hypothèse est renforcée par la cohérence géographique de la dispersion : les Encaoua ne se trouvent que dans des lieux historiquement reliés à l'itinéraire Espagne → Maghreb (Tlemcen, Oran, Salé, Fès), jamais dans les communautés ashkénazes ou dans l'Empire ottoman — ce qui serait difficile à expliquer si le nom avait des origines multiples et indépendantes.