Les Encaoua qui choisirent le Maghreb s'installèrent principalement à Tlemcen et à Fès, rejoignant des communautés juives déjà établies.
Les Toshavim (résidents d'implantation ancienne) accueillirent les Megorashim (expulsés) avec un mélange de générosité et de tension. À Tlemcen, les Encaoua s'imposèrent rapidement comme l'une des principales familles rabbiniques, bénéficiant du prestige acquis un siècle plus tôt par le Rab Éphraïm Al-Naqua. Le régime juridique des communautés juives au Maghreb — les Takkanot — fut souvent le théâtre de rivalités entre les nouvelles arrivées castillanes et les familles autochtones de rite local.
Les exilés de 1492 empruntèrent plusieurs routes vers le Maghreb. Certains transitèrent par le Portugal (avant l'expulsion portugaise de 1496-1497), d'autres par les Baléares ou directement par voie maritime vers Oran, Fès et Tlemcen. La mémoire familiale des Encaoua conserve le souvenir de ce périple à travers des piyoutim liturgiques et des allusions dans les responsa. Le Rab Éphraïm avait d'ailleurs obtenu du sultan de Tlemcen, un siècle plus tôt, l'autorisation pour des familles juives d'Espagne de venir s'établir dans la ville — prophétisant en quelque sorte l'exode à venir.
Au cours du XVIe siècle, les communautés juives du Maghreb s'organisèrent en communautés distinctes — les castillans (megorashim) et les autochtones (toshavim) — avant de fusionner progressivement. À Tlemcen, comme à Fès, les dayanim Encaoua jouèrent un rôle déterminant dans cette unification, apportant la tradition juridique castillane enrichie par des siècles de pratique en Espagne. Cette fusion donna naissance à un judaïsme maghrébin original, ni purement séfarade ni purement autochtone, mais synthèse créatrice des deux traditions.
L'installation des exilés ibériques se déploie sur six foyers majeurs documentés par MMJMM : Tlemcen, Oran, Fès, Tétouan, Salé, et le refuge italien de Livourne. Chacun a sa propre liturgie, ses dayanim et ses manuscrits.