Les Encaoua sont connus pour leur contribution à la musique liturgique des communautés juives du Maghreb.
La musique des synagogues d'Oran et de Tlemcen, fortement influencée par la tradition musicale andalouse (le malouf et le chaabi), constitue un patrimoine d'une richesse extraordinaire. Plusieurs piyoutim composés par des membres de la famille sont encore chantés aujourd'hui dans des communautés établies en France, en Israël, au Canada et aux États-Unis.
Le piyout le plus célèbre attribué au Rab Éphraïm Al-Naqua est un poème liturgique pour Roch Hachana, construit selon un acrostiche alphabétique. Sa mélodie, d'inspiration arabo-andalouse, est considérée comme l'une des plus belles du répertoire liturgique nord-africain. Ce piyout est encore chanté dans certaines synagogues de tradition oranaise et tlemcénienne, perpétuant ainsi la voix du fondateur de la lignée à travers les siècles.
Les communautés juives d'Oran et de Tlemcen développèrent un style musical liturgique distinctif, mêlant les traditions hébraïques médiévales aux modes (maqam) de la musique arabo-andalouse. Le malouf (musique classique arabo-andalouse) et le chaabi (musique populaire) influencèrent profondément la cantillation synagogale. Des chantres (hazzanim) de la famille Encaoua furent réputés pour leur maîtrise de ce répertoire complexe. Ce patrimoine immatériel, menacé par la dispersion des communautés après 1962, fait aujourd'hui l'objet d'efforts de conservation par des associations culturelles en France et en Israël.
MMJMM documente deux corpus liturgiques majeurs : le Maḥzor d'Oran en cinq volumes (suivi de l'exode communautaire vers Livourne en 1669) et celui de Tétouan, comprenant 231 piyoutim des Megorashim.