Les lois antisémites de Vichy en Algérie à partir de 1940 frappèrent durement les Juifs d'Algérie.
Dans le cadre de sa politique antisémite, le régime de Vichy abrogea le Décret Crémieux par la loi du 7 octobre 1940. Cette mesure brutale priva environ 110 000 Juifs d'Algérie de leur nationalité et de leur citoyenneté française, les plaçant dans une situation de grande vulnérabilité. Les Juifs furent soumis au Statut des Juifs, exclu des professions libérales, des fonctions publiques, et soumis au numerus clausus dans l'enseignement. Des membres de la lignée Encaoua figurent parmi ceux exclus des écoles et des professions. Le Décret Crémieux ne fut officiellement rétabli que le 21 octobre 1943, par le Comité français de la Libération nationale, après le débarquement allié en Afrique du Nord de novembre 1942.
Entre octobre 1940 et octobre 1943, les Juifs d'Algérie vécurent une période de déposséssion et d'humiliation systématique. Les enfants furent exclus des écoles publiques (limites du numerus clausus à 14% puis 7%), les professions libérales fermées, les entreprises 'aryanisées'. Pour les Encaoua, dont la citoyenneté française était solidement ancrée depuis 70 ans, cette régression fut vécue comme un traumatisme profond. La communauté juive d'Oran, où vivaient de nombreux Encaoua, fut particulièrement touchée par les mesures discriminatoires et le climat d'antisémitisme attisé par la propagande vichyste.
L'indépendance de l'Algérie en juillet 1962 provoqua l'exode massif d'environ 130 000 Juifs, la plupart pour la France métropolitaine, certains pour Israël. Pour les Encaoua, cela signifiait la fin d'une présence de près de cinq siècles en Algérie — depuis l'installation d'Éphraïm Al-Naqua à Tlemcen en 1391. Le départ se fit dans l'urgence et le déchirement : les familles quittaient des maisons habitées depuis des générations, des synagogues construites par leurs ancêtres, des cimetières où reposaient leurs morts. La communauté juive de Tlemcen, qui comptait encore plusieurs centaines de membres, se dispersa en quelques semaines, principalement vers Paris, Marseille et Montpellier.
L'arrivée en France métropolitaine marqua pour les Encaoua le début d'une nouvelle ère. Les rapatriés durent reconstruire leurs vies dans un pays qu'ils considéraient comme le leur (grâce au Décret Crémieux), mais qui souvent les accueillait avec indifférence ou hostilité. Face à cette épreuve, les Encaoua firent preuve de la même résilience que leurs ancêtres après 1391 et 1492 : ils reconstituèrent des réseaux communautaires, fondèrent des associations culturelles, maintinrent vivante la mémoire des lieux quittés. Des associations comme MORIAL (Mémoire et traditions des Juifs d'Algérie), dont Didier Nebot est président d'honneur, jouent un rôle essentiel dans la préservation de cet héritage.