Les responsa produits par les Encaoua révèlent une méthode décisionnelle cohérente et une sensibilité particulière aux questions sociales.
La méthode décisionnelle des Encaoua se caractérise par trois traits distinctifs. Premièrement, une grande attention aux situations réelles : plutôt que d'appliquer mécaniquement les codes, les dayanim Encaoua s'efforçaient de comprendre la réalité concrète de chaque justiciable. Deuxièmement, un recours constant aux précédents talmudiques, mais interprétés avec la sensibilité propre au judaïsme maghrébin, plus souple et pragmatique que la tradition ashkénaze. Troisièmement, une position généreuse envers la réintégration des conversos dans les communautés juives — question cruciale après 1391 et 1492, lorsque des milliers de Juifs convertis de force cherchèrent à revenir au judaïsme. Cette approche humaniste de la justice rabbinique explique pourquoi les Encaoua furent respectés non seulement par les Juifs, mais aussi par les autorités musulmanes, qui reconnaissaient en eux des juges équitables et soucieux du bien commun.
Les Encaoua se montrèrent favorables à la réintégration des anousim (Juifs convertis de force), adoptant une position généreuse inspirée du Rivash (Rabbi Isaac Bar Sheshet Perfet) et du Rashbash (Rabbi Shimon ben Tsemah Duran), les deux grands décisionnaires qui avaient accompagné Éphraïm Al-Naqua dans son exil vers le Maghreb en 1391. Cette question — un Juif converti de force au christianisme conserve-t-il son statut juif ? — fut l'une des plus débattues dans la halakha post-1391. Les Encaoua, fidèles à la tradition castillane, estimèrent que la conversion forcée était nulle et que les conversos devaient être accueillis comme des frères revenant au bercail. Cette position contribua à faire du Maghreb une terre de refuge et de réintégration pour des milliers de crypto-juifs venus d'Espagne et du Portugal.
Un commentaire sur le Pentateuque attribué à un Rav Shlomo Encaoua du XVIe siècle, dont un manuscrit fragmentaire est conservé à la Jewish Theological Seminary de New York (ms. ENA 2726), témoigne de la diversité de la production intellectuelle des Encaoua. Ce texte mêle exégèse littraliste (peshat) et interprétation mystique (sod), dans la tradition des commentateurs séfarades qui refusaient de choisir entre l'approche rationnelle de Maïmonide et l'approche mystique du Zohar.
L'un des apports les plus significatifs des Encaoua au judaïsme maghrébin fut la transmission du droit rabbinique castillan. Les Takkanot (règlements communautaires) élaborés en Espagne au cours des XIIIe-XVe siècles constituaient un corpus juridique d'une sophistication remarquable, couvrant le droit matrimonial, le droit des successions, le droit commercial et les relations avec les autorités non-juives. Les Encaoua, en s'établissant au Maghreb, apportèrent cette tradition juridique castillane et la greffèrent sur les pratiques locales des communautés toshavim (autochtones). Le Keren Hemer d'Abraham Ankawa, publié à Livourne en 1869-1871, constitue le témoignage le plus achevé de cette transmission : il rassemble les décisions des juges castillans venus au Maroc après 1492, créant un pont juridique entre l'Espagne médiévale et le Maghreb moderne.