Le Manuscrit Sacré apporte des précisions essentielles — souvent inédites — sur plusieurs figures de la lignée Encaoua, sur le contexte historique des persécutions de 1391, et sur la mémoire populaire qui entoure le Rab de Tlemcen jusqu'à nos jours.
Nebot précise qu'Israël Al-Naqua fut brûlé vif le 6 juin 1391 dans la synagogue d'Écija (près de Séville), alors qu'il était en train de prier. L'auteur le présente comme le premier martyr des terribles massacres de 1391. La cause directe de son martyre aurait été étroitement liée à son œuvre : il venait d'écrire le Menorat ha-Maor (Le Chandelier de Lumière), un livre destiné à rendre la Torah accessible à tous — ce qui, aux yeux de ses persécuteurs, constituait une subversion dangereuse. La tradition rapporte qu'il périt sur le bûcher en tenant un Sefer Torah à la main. L'Encyclopedia Judaica donne une version légèrement différente : lors de l'agression contre la communauté juive de Tolède, il aurait été sauvagement attaqué et traîné dans la rue. Les deux versions témoignent de la brutalité extrême des événements.
Nebot retrace avec précision l'histoire extraordinaire du manuscrit principal d'Ephraïm Al-Naqua, depuis sa rédaction au XVe siècle à Tlemcen jusqu'à sa conservation à la Bodleian Library d'Oxford. Il raconte le voyage remarquable de Samuel Sultan, mandaté par le rabbin Haïm Bliah (1832-1919) de Tlemcen, qui se rendit à Oxford à la fin du XIXe siècle. On lui permit de recopier le manuscrit, mais non de le rapporter. Ces copies permirent, en 1902, la publication à Tunis d'une édition commentée, augmentée d'une introduction et d'un commentaire intitulé Petah ha Chahar (Ouverture du Portique). À travers cet ouvrage, le Rab Ephraïm Al-Naqua apparaît comme un philosophe défendant les thèses rationalistes de Maïmonide face à la tradition mystique représentée par Nahmanide — le passeur de l'idée que la pensée biblique et la pensée rationnelle sont non seulement compatibles, mais que leur combinaison contribue à enrichir le sens profond de la Torah.
Le livre détaille avec une précision saisissante les prédications haineuses de l'archidiacre Ferran Martinez d'Écija, qui dès 1388 appelait ouvertement à la destruction des synagogues. Il retrace le déroulement des émeutes de juin 1391 dans les villes d'Andalousie et de Castille : en trois mois, plus de 4 000 Juifs périrent, plusieurs dizaines de milliers furent contraints à la conversion forcée — des conversions qui alimentèrent par la suite les bûchers de l'Inquisition. Nebot montre comment ces événements s'inscrivent dans un continuum de violence qui conduira inéluctablement au décret d'expulsion du 31 juillet 1492. C'est dans ce contexte de terreur que les descendants d'Israël Al-Naqua fuirent l'Espagne catholique vers d'autres terres plus hospitalières.
L'un des apports les plus fascinants de Nebot est son analyse de la légende du lion, selon laquelle le Rab Ephraïm Al-Naqua aurait chevauché un fauve pour entrer triomphalement dans Tlemcen. Nebot en propose une explication rationnelle qui ne diminue en rien la portée symbolique du récit : le lion symbolise le sultan de Tlemcen, qui supplia Ephraïm, en tant que médecin formé à l'Université de Palencia, de sauver sa fille malade. Ephraïm soigna l'enfant avec des médicaments à base de venin de serpent, pratique thérapeutique classique à l'époque. La fillette fut sauvée et le Rab revint triomphant. En récompense, il obtint deux faveurs décisives : la permission pour les Juifs de s'installer dans le centre de la ville (le quartier dit « El Merja ») et l'autorisation pour des familles juives d'Espagne et des Îles Baléares de venir s'établir à Tlemcen.