Au Maghreb, les Encaoua occupèrent pendant plusieurs siècles une position de premier plan dans la hiérarchie rabbinique.
Plusieurs membres de la famille furent grands rabbins ou dayanim à Tlemcen, Oran, Fès, Rabat et Salé. Rav Mardochée Encaoua (XVIIe siècle) représente un maillon important dans la chaîne de transmission. La lignée des dayanim Encaoua à Salé, documentée dans le chapitre 15, illustre la continuité exceptionnelle de cette tradition judiciaire sur plus de deux siècles.
Les Encaoua rayonnèrent depuis plusieurs centres urbains majeurs du Maghreb. À Tlemcen, berceau de la lignée depuis l'arrivée du Rab Éphraïm en 1391, la famille fournit des rabbins et des dayanim sans interruption pendant cinq siècles. À Salé, la dynastie judiciaire des Encaoua (de Moshé Ankawa en 1758 à Raphaël Encaoua en 1935) constitue un cas exceptionnel de continuité familiale dans l'exercice du rabbinat. À Oran, les Encaoua jouèrent un rôle central dans la communauté juive, notamment sous la colonisation française. À Fès, des branches de la famille contribuèrent à l'efflorescence kabbalistique des XVIe et XVIIe siècles.
L'un des marqueurs du prestige rabbinique des Encaoua est l'abondance de leur correspondance halakhique. Les dayanim Encaoua échangeaient des responsa avec les plus grands décisionnaires de leur époque : le Rashbash d'Alger, le Rivash, et plus tard les rabbins de Livourne, de Tunis et de Jérusalem. Cette correspondance, partiellement publiée au XIXe siècle chez l'éditeur Benamozegh de Livourne, constitue une source précieuse pour comprendre la vie juridique et sociale des communautés juives du Maghreb.
Les listes de souscripteurs publiées dans l'édition de 1902 du Sha'ar Kevod Hashem offrent une rare prosopographie du judaïsme de l'Oranais à cette date. Pour financer l'impression, Rabbi Ḥaïm Bellaïche y remercie, communauté par communauté, les bienfaiteurs de Tlemcen, Oran, Aïn Témouchent, Mascara, Saïda, Sig (Saint-Denis-du-Sig), Perregaux, Palikao, Sidi Bel-Abbès et Ghériville. On y reconnaît des familles récurrentes d'une ville à l'autre — Crescenti, Amsalem, ben Soussan, ha-Kohen, ha-Levi, Atoubol, Tapiero, Atergeman, Souarsi, Assouline, Sultan, Aboudarham, Medioni, ben Kamoun, Akrish… —, témoignage du maillage communautaire et des solidarités qui reliaient ces villes vers 1900. À Oran figure notamment un membre de la famille Alnekava (« que le mérite du Rabbin ancien le protège ») ainsi que la famille Akrish, à rapprocher de l'affaire Akris de 1914. Bellaïche rend aussi un hommage particulier au grand rabbin d'Oran Moshe Tzarmon, qui fit échouer en 1890 une tentative de notables d'ouvrir leurs boutiques le Shabbat. Ces listes constituent une source primaire de premier intérêt pour la généalogie séfarade nord-africaine.
Le projet MMJMM dresse les biographies et lignées des grandes figures rabbiniques maghrébines, permettant de situer les Encaoua dans le réseau plus vaste de l'autorité religieuse séfarade.