Les Encaoua contribuèrent à l'introduction et à la diffusion de la Kabbale lourianique au Maghreb.
Après l'expulsion des Juifs d'Espagne en 1492, de nombreux érudits séfarades s'installèrent au Maghreb, apportant avec eux la culture kabbalistique et l'autorité du Zohar, qui était devenu un texte central dans la péninsule ibérique. Graduellement, le Zohar (composé au XIIIe siècle par Moïse de Léon en Espagne) fut largement accepté comme faisant partie du canon sacré au sein des communautés juives d'Afrique du Nord. Un commentaire sur des passages du Sefer haZohar, attribué à un Rav Avraham Encaoua de Fès, est cité dans plusieurs ouvrages ultérieurs. La pratique kabbalistique des amulettes (kameot) connut un développement particulier dans le contexte maghrébin, où elle se mêla à des pratiques thérapeutiques locales.
Le fondateur de la lignée nord-africaine, Éphraïm Al-Naqua, incarne à lui seul la tension créatrice entre rationalisme et mystique qui caractérise les Encaoua. Son Sha'ar Kevod Hashem défend le rationalisme de Maïmonide, mais le concept central de Kavod (Gloire divine) emprunte au vocabulaire de la mystique juive. Le chapitre IV de son traité, consacré à la Gloire de Dieu, intègre des éléments de la mystique de la Merkava (Char divin) tout en les interprétant dans un cadre philosophique. Cette synthèse rare entre raison et mystique deviendra la marque de fabrique intellectuelle de la lignée.
La vénération autour de la tombe du Rab Éphraïm à Tlemcen, qui perdura pendant plus de cinq siècles (1442-2005), témoigne de la dimension mystique de l'héritage Encaoua. La source d'eau jaillissant près du tombeau, les guérisons miraculeuses rapportées par les pèlerins, la hillula célébrée le 5 Iyar — tout cela relève d'une piété populaire profondément nourrie par la Kabbale. Le testament du Rab, qui mentionne les 'deux sources' — l'eau et la Torah — résonne avec le symbolisme kabbalistique des Sefirot, où l'eau représente la Sefira de Hessed (bonté) et la Torah celle de Tiferet (harmonie).
Selon les travaux de l'historien Haïm Zafrani, la Kabbale ne resta pas au Maghreb une spéculation réservée à une élite savante. Elle imprégna la liturgie, le droit, la poésie, la musique et même les gestes du quotidien. Le Zohar apporta une dimension mystique aux pratiques religieuses, transformant chaque acte en une expérience spirituelle. Le culte des saints (tsadikim), la centralité du cimetière dans la géographie spirituelle des communautés, et la pratique des hiloulot — autant de traits du judaïsme maghrébin qui trouvent leur source dans la tradition kabbalistique renforcée par les séfarades. Certains chercheurs soulignent que cette mystique juive partageait des affinités spirituelles avec les courants mystiques musulmans locaux (soufisme, maraboutisme), créant une géographie sacrée commune, bien que théologiquement distincte.
Au XVIe siècle, la Kabbale lourianique — élaborée par Rabbi Isaac Luria (le ARI) à Safed en Galilée — se diffusa dans l'ensemble du monde juif, y compris au Maghreb. Les concepts de tsimtsoum (contraction divine), de chevirat hakelim (bris des vases) et de tiqqun (réparation cosmique) furent intégrés à la liturgie et aux pratiques de piété populaire des communautés nord-africaines. Les Encaoua, par leur position à la fois rabbinique et intellectuelle, jouèrent un rôle dans l'intégration de ces nouveaux courants kabbalistiques à la tradition locale, tout en maintenant la tension créatrice entre rationalisme maïmonidien et mystique zoharique qui caractérise l'approche familiale depuis le Sha'ar Kevod Hashem d'Éphraïm Al-Naqua.