La conquête de l'Algérie à partir de 1830 et le Décret Crémieux de 1870 transformèrent radicalement la situation des communautés juives.
Le Décret Crémieux, adopté le 24 octobre 1870 par le Gouvernement de la Défense nationale (dont Adolphe Crémieux était ministre de la Justice), accorda d'office la citoyenneté française aux 'israélites indigènes' d'Algérie. Environ 35 000 Juifs d'Algérie passèrent ainsi du statut d'indigène au droit commun français, tandis que les populations musulmanes restaient soumises au code de l'indigénat. Ce décret transforma radicalement la situation des communautés juives d'Algérie, leur ouvrant l'accès à l'éducation française, aux professions libérales et à la vie politique. Pour les Encaoua, il créa une tension inédite entre la tradition rabbinique ancestrale et la modernité républicaine française.
Rav Yaakov Encaoua, grand rabbin d'Oran dans la seconde moitié du XIXe siècle, incarna cette tension avec une acuité particulière. Il publia en 1878 un recueil de responsa intitulé Yagel Yaakov, l'un des derniers grands recueils produits par la tradition rabbinique algérienne avant la rupture de la Seconde Guerre mondiale. Dans ses décisions halakhiques, il devait naviguer entre les exigences du droit français et les principes du droit rabbinique, inventant une jurisprudence hybride qui témoigne de la complexité de la condition juive dans l'Algérie coloniale.
L'Alliance Israélite Universelle (AIU), fondée à Paris en 1860, ouvrit des écoles dans l'ensemble du Maghreb, y compris dans les villes où les Encaoua exerçaient leur rabbinat. Ces écoles enseignaient le français, les sciences et l'hébreu moderne, transformant en profondeur les communautés juives d'Afrique du Nord. La relation des Encaoua avec l'AIU fut contrastée : à Salé, Raphaël Encaoua adopta finalement une attitude bienveillante envers l'Alliance, car elle permettait l'apprentissage simultané de l'hébreu et du français, notamment par les jeunes filles auparavant exclues de l'instruction. À Oran et à Tlemcen, les rabbins Encaoua accompagnèrent cette transition avec pragmatisme, voyant dans l'éducation française un outil d'émancipation compatible avec la fidélité à la Torah.