Les sources latines mentionnent la présence de communautés juives en Hispanie dès le Ier siècle de l'ère commune.
L'épigraphie funéraire juive de la péninsule ibérique révèle l'existence de synagogues à Mérida, Tolède, Barcelone et dans d'autres villes importantes. La tradition rabbinique fait remonter l'installation des Juifs en Espagne à la période du premier Temple. Le Concile d'Elvire (300-306) contient les plus anciennes législations chrétiennes concernant les Juifs d'Hispanie, attestant d'une présence juive structurée et d'interactions fréquentes entre communautés. Sous les Wisigoths, la législation antijuive du roi Sisebut (612) provoqua des conversions forcées massives, préfigurant les cycles de persécution qui marqueront les siècles suivants.
La conquête arabe de l'Hispanie en 711 ouvrit une période extraordinaire pour les Juifs de la péninsule, souvent qualifiée de « âge d'or » (ha-tequfa ha-zahavit). Sous les Omeyyades de Cordoue, des familles comme les ancêtres des Encaoua forgèrent leur identité savante. Hasdaï ibn Shaprut (915-970), médecin et diplomate à la cour d'Abderaman III, incarne cette symbiose culturelle. Les grands poètes Shlomo ibn Gabirol, Yehouda Halevi et Moshe ibn Ezra firent de l'hébreu une langue de haute littérature. C'est dans ce terreau intellectuel que prospérèrent les premières générations connues des Encaoua.
L'Espagne juive médiévale produisit une constellation de penseurs dont l'influence fut considérable sur la lignée Encaoua. Maïmonide (1138-1204), né à Cordoue, est le plus illustre : son Guide des Égarés et son Michné Torah sont les références philosophiques et halakhiques que défendra plus tard Éphraïm Al-Naqua dans le Sha'ar Kevod Hashem. Nahmanide (1194-1270), de Gérone, représente le courant mystique et kabbalistique, en tension créatrice avec le rationalisme maïmonidien. Le Rashba (1235-1310) de Barcelone, le Rosh (1250-1327) de Tolède, et le Rivash (1326-1408, exilé à Alger en 1391) forment la chaîne de transmission dans laquelle s'inscrivent les Encaoua — à la croisée des traditions castillane, aragonaise et catalane.
La Reconquista chrétienne, qui reprit progressivement les territoires musulmans entre le XIe et le XVe siècle, transforma profondément la condition des Juifs d'Espagne. Dans les royaumes chrétiens, les Juifs bénéficiaient initialement d'une condition relativement favorable — protégés par les rois qui appréciaient leurs compétences fiscales, médicales et diplomatiques. Mais à partir du XIVe siècle, la montée de la prédication antijuive, la peste noire de 1348 (dont les Juifs furent accusés), et l'instabilité politique créèrent un climat de violence croissante qui culmina dans les massacres de 1391. C'est dans ce contexte que les Encaoua vecurent leurs dernières décennies en Espagne — un monde où leur prestige rabbinique ne suffisait plus à les protéger de la fureur populaire.
Les communautés juives d'Espagne s'organisaient autour d'aljamas — unités communautaires autonomes disposant de leurs propres institutions religieuses, juridiques et éducatives. Chaque aljama était dirigée par un conseil de notables et encadrée par des rabbins qui exerçaient une juridiction civile et religieuse sur les membres de la communauté. Ce système, reconnu par les rois de Castille et d'Aragon, conférait aux Juifs une autonomie juridique considérable. Les registres fiscaux (pecheros) et les ordonnances communautaires (Takkanot) témoignent d'une vie juive organisée et florissante. C'est dans ce cadre institutionnel que les Encaoua exercèrent leurs fonctions rabbiniques et judiciaires — un cadre qu'ils chercheront à reproduire au Maghreb après les exils de 1391 et 1492.