Raphaël Encaoua est le quatrième et dernier passeur de pensée juive de la lignée identifié par David Encaoua. Il fut le premier président du Haut Tribunal Rabbinique du Maroc. Le chapitre 15 de ce Grand Livre (Le Mellah de Salé) offre une biographie détaillée de cette figure exceptionnelle.
Après l'établissement du protectorat français en 1912, le maréchal Hubert Lyautey sollicita Raphaël Encaoua pour prendre la tête du premier Haut Tribunal Rabbinique du Maroc, créé par un dahir de mai 1918. Malgré une grande réticence initiale due à l'humilité qui le caractérisait et au respect qu'il portait à d'autres érudits comme le Rab Shlomo ben Danan de Fès, Raphaël Encaoua céda devant l'insistance de Lyautey, qui considérait qu'il était le seul capable d'unifier la juridiction rabbinique du royaume. Ses publications, souvent signées sous l'acronyme REM, constituent une codification juridique unifiée qui fait encore autorité. Le Haut Tribunal Rabbinique de Rabat, qu'il présida jusqu'à sa mort, disposait de prérogatives identiques à celles des tribunaux civils de l'État — un cas unique dans le monde juif de l'époque.
En 1929, Raphaël Encaoua fut décoré de la Légion d'honneur par le Résident Général Lucien Saint. On le désignait de son vivant comme 'l'Ange Raphaël' (המלאך רפאל) en raison de sa douceur, de sa compassion et de son empathie envers tous, Juifs et Musulmans confondus. Sa popularité dépassait le cadre communautaire : les autorités marocaines et les chefs religieux musulmans le consultaient régulièrement. À sa mort le 2 août 1935, à l'âge de 88 ans, il fut pleuré comme le 'Ner Hamaarav' (Lumière du Maroc). Sa tombe dans le vieux cimetière de Salé se trouve dans un mausolée impeccablement entretenu qui demeure un lieu de pèlerinage actif.
L'héritage de Raphaël Encaoua se prolongea à travers ses descendants directs. Son fils Mikhael Encaoua devint dayan au tribunal rabbinique de Rabat, avant de succéder à son père comme grand rabbin du Maroc, poste qu'il occupa jusqu'à son décès en 1972. Son petit-fils, Ephraïm Encaoua — qui porte le même prénom que le fondateur de la lignée à Tlemcen au XVe siècle — fut président du tribunal rabbinique de Tanger. Cette succession familiale ininterrompue, de Moshé Ankawa (1758) à Mikhael Encaoua (1972), constitue un cas exceptionnel de continuité rabbinique familiale sur plus de deux siècles. Le dahir de 1918 créant le Haut Tribunal Rabbinique reconnaissait ainsi officiellement ce que les communautés juives du Maroc savaient depuis des générations : les Encaoua étaient les gardiens naturels de la tradition judiciaire.